斑马鱼模式物种数据库：ZFIN的全新解读

斑马鱼模式物种数据库ZFIN(Zebrafish Model Organism Database, 原名Zebrafish Information Networks)是斑马鱼的核心数据库。ZFIN 由美国University of Oregon 维护, 收集的信息主要可分为以下几个方面：

(1) 斑马鱼基因信息。

以斑马鱼基因为核心, 包括各种分子标记等。每个基因的页面中, 包含了跟这个基因相关的表达信息(包含大量图片, 特别是原位杂交图片和相应的描述)、已知突变或基因敲低(Knock down)的研究报道、表型, 以及到其他核酸或蛋白质相关数据库、Gene Ontology 数据库、蛋白结构域数据库、基因组注释数据库、文献数据库等的链接等。

(2) 斑马鱼相关资源。

包括各种质粒克隆、已报道的morpholino 和抗体、转基因载体等; 这些均和相应的基因存在相互链接。同时也收集各类斑马鱼野生型品系、突变品系、转基因品系资源, 分别链接到相应的资源中心数据库。

(3) 斑马鱼基因组图谱和作图(Mapping)相关的信息。

(4) 斑马鱼研究工作信息。

ZFIN 收集了大量斑马鱼相关的工作、会议、在网站注册的斑马鱼研究机构、公司和实验室/个人的信息。同时也提供斑马鱼研究相关的新闻。其他交流资源还包括各种实验操作技术、The Zebrafish Book 的在线版本等。

(5) ZFIN 同时也具体负责斑马鱼组织结构的解剖学定义、斑马鱼品系和基因命名规范等工作。

得益于公共数据库的平台，我们才可以开展很多工作，譬如网络药理学、基因组学、蛋白组学、代谢组学等。而数据库最核心的部分就是数据本身，获得原始数据是最困难的部分。很自然，第一时间就将我们的文章和补充材料发过去了，希望能contribute a little。